En la época colonia, en la cual fue fundada, esta casa de estudios se denominó Universidad Real y Pontificia de San Marcos. Pero con la independencia (1821) cambió este nombre. Al no depender más de la corona española se quitó el título de Real, así como el de Pontificia, en respuesta al Estado Pontificio (Vaticano), que no reconoció nuestra independencia hasta diez años después.
Así es como este claustro pasó a denominarse simplemente: Universidad de Lima. Tiempo después, durante el gobierno de Ramón Castilla (1840) esta casa superior de estudios comenzó a ser llamada Universidad Mayor de San Marcos. “El título de mayor obedecía a su antigüedad e importancia sobre las otras escuelas menores”, dijo. Y, aproximadamente desde 1940, pasó a llamarse Universidad Nacional Mayor de San Marcos, tal como la conocemos hasta hoy.

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